酷派728操作系统采用的是最新的Windows CE5.00版本,它是宇龙公司基于Windows CE内核独立开发的。软件运用方面机器内置了MSN即时通讯软件,还有掌上证券和WAP无线上网软件,鉴于双模手机的功能,728在无线网络上有很大的优势,因为用户可以在GPRS和CDMA两种网络中互相选择。酷派728可以支持双待机G网和C网同时在线,这种模式还是在双模手机上首次体现出来,其最不易的地方是可以把G网及C网之间的干扰及排斥去除,实现真正的双网待机。点击世界风选项,会有主卡的设置选项,在不进行相应选择时,电话、短信会默认由主卡处理,快速拨号也会被默认为主卡执行
商务功能方面,准备了日程表,备忘录,任务表,闹钟,计算器等常用的软件。机器还精心的为使用者内置了PDF阅读器,PowerPoint,word,Excel,wordpad五个常用的办公软件,可以很方便的阅读和修改PC机上的文件,还能够连接数据线进行文件的打印。