酷派9900在系统方面也进行了升级，采用的是酷派自主研发的智囊4.0操作系统，它是基于Android系统开发的，全新的智囊4.0在界面和功能上进行了非常深入的升级，例如桌面增加了CoolRouter（资讯推送）和CoolFans（社交网络）插件。
酷派9900的界面
实际操控方面，由于酷派9900采用的是性能强劲的1.5GHz双核处理器，所以在系统运行上比较占优势，而且宽大的5英寸屏幕可以让我们方便的使用手指进行操作，虽然分辨率较高，但是对于酷派9900的双核处理器来说毫无压力，在界面的滑动时完全没有延迟，与目前主流的双核旗舰手机保持在一个水平。
酷派9900的界面
酷派9900的界面
