酷派最重要的提升就是采用了高端旗舰手机主流的双核处理器，而它采用的是目前全球已上市运行频率最高的1.5GHz双核。酷派9900在系统方面也进行了升级，采用的是酷派自主研发的智囊4.0操作系统，它是基于Android系统开发的，全新的智囊4.0在界面和功能上进行了非常深入的升级。锁屏界面向左划屏可以直接进入相机界面，向右划屏进入主题桌面。桌面采用5分屏设计，底部采用“通讯录”、“通话记录”、“菜单应用”、“拨号盘”和“信息”键，贴合大多数商务人士电话数量较多的使用习惯。
解锁/主桌面
在下拉菜单中，可以很方便的设置WLAN网络、屏幕亮度和手机模式等等。另外，还可以轻松设置双卡之间的主卡切换，非常方便。
下拉菜单/主卡切换界面
桌面弹框和应用程序界面
点击桌面几秒出现的“添加到主屏幕”界面与一般安卓手机稍有不同，设置内容稍有变化，同样可以向桌面添加窗口小部件，把不常用到的“新建文件夹”选项改成了“应用程序”，可以将常用应用程序直接添加到桌面。
