与iPhone5一样，iPad mini所搭载的系统为IOS 6。该系统包括200多项新功能，包括全新地图应用、VIP邮箱、电话控制功能、FaceTime等方面的改良。
经过国外媒体的实际测试，发现IOS 6系统相比旧版本更加智能和人性化，iPad mini运行时较为流畅，没有出现卡顿现象。全新地图应用最大的特色是加入了3D实景模式，支持手势旋转和缩放。3D实景模式不但能全角度浏览单一建筑，还可以鸟瞰城市全貌。此外，全新地图应用有一些很酷的新功能，它集成了Siri语音功能，支持交通流量实时监测、本地信息搜索等。
IOS 6系统还对邮箱进行了改良，用户可以设置VIP账号，电子邮件排序将更加简单。值得一提的是，重要邮件将直接被推送至桌面，以防用户漏收邮件。
此外，用户在使用Safari浏览网页时，可以储存网页离线阅读列表。与此同时，借助HTML5，Safari能够实现与第三方应用的链接交换，使用起来较为便捷。
