在软件方面，HTC E1搭载了时下较新的Android 4.1.1操作系统，并采用HTC Sense 4+用户界面，相比原生Android 4.1界面不大相同，不过界面风格依然沿袭了HTC Sense的传统风格，而且简洁清新。
解锁界面和手机主界面
HTC E1同样采用滑动解锁的方式，在锁屏界面向上拖动“圆环”，手指放开即可实现解锁。值得一提的是，若是将解锁界面底端的电话、邮件、信息以及相机四个图标中的任意一个拖动至解锁圆环中，在实现解锁的同时，还能够直接跳转至相应的界面，免除了解锁之后的二次操作。
支持下拉通知栏快捷方式
同时，这款手机可支持下拉通知栏快捷方式，其中包含了WLAN、蓝牙、数据连接、静音以及旋转等多个常用设置的开关，为用户的日常使用提供了便利，而在下拉通知栏中该机还加入了“设置”快捷方式，便于用户随时调用。
桌面面板设置界面
另外，在手机桌面空白处“长按”则可调出手机面板设置界面，在该界面下用户可以将常用的小插件、应用程序或是某个快捷方式添加到桌面面板上，以便于日常使用。
全部和经常应用程序列表界面
在应用程序列表界面，手机中的所有应用均依次按照从左到右、从上到下的顺序排列，左右滑动即可查看所有应用。需要说明的是，用户使用频率较高的应用程序会自动添加到“经常”面板下，再次为用户的日常使用提供了便利。
