三星GALAXY Mega 6.3搭载了最新的Android 4.2.2系统，与旗舰S4完全一致。最新版本的TouchWiz增加了大量的定制功能和操作形式，并且保留了上一版的TouchWiz特点，熟悉TouchWiz的用户完全不用从新适应。
锁屏界面加入了大量信息显示功能，类似于一个锁屏界面中的消息中心，可以定制各种应用的推送，还可以定制一些常用的程序从而快速进入。除了这个丰富的锁屏界面，你也可以选择最基本的方式，让五个快捷程序显示在底部，可能看起来更加清爽。另外，你也可以改变锁屏界面上的欢迎语，自定义内容，设置不同的字体和颜色。
锁屏界面
主屏幕可以放置诸多快捷图标，并且拥有一些自家应用的特色小插件，主屏界面也支持无限循环滚动。另外，对主屏幕进行两指缩放操作，可以进行屏幕分页管理，最多支持7个分页，并且可以将任何一个页面设置为主屏。
主界面
在通知栏区域，首屏会显示5个快捷设置图标，可以实现一些常用设置的功能。当然，你也可以向右滑动来得到更多快捷操作，并且支持自定义快捷设置及顺序。快捷操作栏下方是亮度调节，并且支持禁用该功能以节省通知栏的空间。
通知栏界面
主菜单界面，似乎并没有太多变化，主要分为应用以及小插件两个部分，并且拥有一个专门的下载栏目。应用界面仍采用多页面滑动设计，可以按照字母顺序、用户自定等形式排列。另外菜单键内可编辑、卸载、创建文件夹、隐藏应用程序等多种操作。当你从小插件界面中向主屏拖拽应用程序，会显示应用的轮廓，这样你就可以判断该页面还能容纳多少应用内容了。主菜单界面
三星Mega 6.3同样支持多窗口任务，可以让你在屏幕上同时显示两个应用内容，并且可以对分界线的调整，调整窗口的大小。不过，支持多窗口功能都是内置应用，但总得来说还是提高了工作效率，尤其是屏幕面积更大更容易进行操作。
多窗口任务界面
设置界面被分成四个部分，包括连接、我的设备、账户以及更多四个分类，分类更加清晰易用，让用户可以快速上手。
设置界面
悬浮预览功能，手指与屏幕保持约1cm的距离，就能出现信息、相册、日历、邮件等预览内容。另外还支持预览文件夹、快速拨号和放大网页中的链接等功能。
Smart Stay功能，前置摄像头可以识别用户的面部，防止在阅读内容中屏幕自动锁定。
另外，手机还拥有若干的手势功能，这些并非首次出现，比如在联系人详细界面将手机放置耳边即可拨号。智能提醒功能，手机拿起便会振动提醒错过的信息电话等。
Mega 6.3延续了S4上部分新加入的功能，比如浮窗预览、手势动作等等。因为手机本身太大，为了照顾到用户的单手操作，系统内内置了Note 2上的单手操作优化功能。不过经过亲身体验，拇指的操作幅度十分有限，换句话说，使用Mega 6.3单手操作十分困难。总得来说，TouchWiz带来的丰富功能和易用性是十分突出的。
