系统方面，魅族MX4 Pro采用了最新的Flyme 4.1（基于Android 4.4.4）操作系统，并在前作的基础上加入了更多新功能，像手势唤醒能直接进入到相应程序，语音唤醒可不用拿手机，在不方便接触手机时用语音完成拨号、查询天气路况等各种功能。
锁屏界面
Flyme 4.1的界面风格和上一版基本保持一致，并没有太大变化，当设置锁屏密码后，用户在屏幕上向任意方向滑动即可看到输入密码界面，当然，如果只是想拍照的话，在输入密码界面的右下角有个相机标识，点击便可开启相机。
主界面
进入主界面可以看到，Flyme 4.1延续了前作风格，简单利索的用户界面给人清爽的感觉。当然，如果你喜欢装很多应用程序，可通过合并相同的应用来分类腾地方，所以用户不必担心桌面空间问题。
应用中心
游戏中心
说到应用程序，魅族MX4 Pro的应用中心从游戏、生活助理、咨询、阅读一直到金融理财等应有尽有，包你满意。不过，对于一些手游发烧友而言，要是没有专门下游戏的地方怎么行？游戏中心则涵盖多种类型游戏，想怎么玩就怎么玩。
下拉菜单/后台管理
当用户用手指从任意位置下划屏幕时，即可开启下拉菜单，该菜单包括wifi、移动数据、亮度、静音等常用设置，轻点便可开启/关闭，非常便捷。如果用户从屏幕底端向上滑动便可开启后台管理，这里可以关闭一些占内存的应用。
个性化/账户
Hi-Fi Sound
进入设置界面可以看到，个性化设置能让用户对该机的主题和各类壁纸进行更改，而账户功能可让用户更为深入的体验MX4 Pro。此外，如上图所示，Hi-Fi Sound可选择高低增益和检测耳机阻抗，与不同类型的耳机配合提供优质Hi-Fi体验。
手势唤醒
手势唤醒
手势唤醒功能相比大家都不陌生，市面上大部分Android手机都有此项，像画V开启相机、画O开启音乐等。不过，魅族快人一步对此功能进行了优化，用户可针对某个应用程序自行设置唤醒符号，既方便又快捷，人性化十足。
语音唤醒
语音唤醒顾名思义，就是通过说话来唤醒手机，让它为我们服务，这样既可解放双手，也体现出科技的魅力，魅族MX4 Pro的语音唤醒功能不但可以使用默认的语音命令唤醒，而且还可自行定义语令，笔者经过测试，识别率还是很高的。
应用加密
访客模式
应用加密可对任意一款程序进行加密处理，从而保护用户的个人隐私。访客模式则是通过隐藏应用程序来实现保护个人隐私，两者同时使用，即便手机丢失也不怕隐私泄露，安全又可靠。
