魅族MX6搭载的是基于Android6深度定制的Flyme5版本系统，目前具体版本为Flyme5.2.2.0A，之所以版本号低于目前魅族其他产品线已经在测试的5.6，也是因为更换了更新的Android6.0内核所致。该版本应用依然是扁平化的风格，图标以矩形或圆形为主，没有明显暗影，文件夹为半透明状，整体给人感觉很清爽。
首先从界面风格上，用户可以自行选择喜欢的设计，魅族MX6当中提供了“主题美化”应用，在其中可以定制各种不同风格的主题，除了壁纸等等元素之外，甚至可以个人自定义更换主题字体，所以即便两个人使用的都是魅族MX6，也可能会有非常明显的不同，毕竟每个人的喜好千差万别。
除了界面视觉效果，Flyme5为魅族MX6提供的操作优势也非常明显。魅族MX6的指纹识别按键同样是轻按返回设计。另外在设置-辅助功能-手势唤醒当中可以看到很多不同的模式，最为大家所熟悉的应该是双击点亮屏幕。结合双击熄屏，这样的操作感的确极其舒爽。而向上滑解锁、向下滑打开通知面板等更是能够大大提升用户操作魅族MX6时的使用效率。
此外其下面的更多自定义手势唤醒功能同样可以根据用户需求而定，比如你可以将画图形C设定为打开相机，那么在息屏状态下就可以直接通过在屏幕上滑出“C”状手势快速进入相机，有利于抓拍操作。
魅族MX6当中有一套比较全面的内容服务提供给用户，包括新闻资讯、音视频娱乐、读书内容等等。新闻资讯方面，其“资讯”应用和第三方的《今日头条》同时为用户提供海量信息；音视频方面，其“音乐”、“视频”应用同时提供各种娱乐信息，其中分别具有各类在线信息源供用户随时获取，能够提供很大的便利。
视音频娱乐图书休闲
另外其读书应用当中同样原生内置了部分书籍免费提供给用户阅读，并且有条件的用户也可以自行购买更多在线书籍，丰富自己的业余时间。
书架当中提供免费书籍
在日常使用方面，手机管家为魅族MX6提供了非常全方位的保障，基本当手机出现任何问题时都可以先想到手机管家解决。作为一款并非旗舰级别的机型，魅族MX6使用时间很长之后，难免可能遇到各种细节问题，比如应用等装载过多拖延操作流畅度，此时就可以第一时间用其中的手机管家尝试解决问题。此时手机加速、垃圾清理、手机瘦身等会起到很有效的作用。
手机管家功能丰富可提升日常使用体验
或许使用更加频繁的会是省电模式。魅族MX6当中内置低功耗模式、极限省电模式、自定义省电模式等，并且可以很直观的查看目前的电量预估剩余使用时间，遇到特殊情况便可以选用其中的任何一种省电模式延长剩余电量的续航时长，为日常使用提供更长久的续航支持。
省电模式
