系统方面，魅蓝U20搭载Flyme powered by YunOS系统，支持手机找回等功能。该机配备了魅族mTouch，支持指纹支付，支付宝、微信均可。
该版本系统应用依然是扁平化的风格，图标以矩形或圆形为主，没有明显暗影，文件夹为半透明状，整体给人感觉很清爽。
Flyme powered by YunOS
支持长截图
另外，魅蓝U20当中也内置了一些阿里方面的应用，包括淘宝、天猫、阿里此刻等。当然，去哪儿旅行、新浪微博等也已经属于阿里生态旗下，所以整个魅蓝E其实可以看做是以阿里生态为主的千元硬件终端。多说一句，腾讯自称是软件为主的企业，那么阿里其实是已经开始尝试往软硬兼具方向上走。
