酷派9900手机采用的是5英寸的夏普ASV屏幕，分辨率为960×640像素，达到了目前次顶级水准（遗憾不是HD屏幕），显示效果出色。值得一提的是，酷派9900为了照顾对续航要求较高的商务人士，采用了非常人性化的双类型电池设计，它可以安装一块薄电（1800毫安时）或者一块厚电（2650毫安时），在使用厚电时，机身背部会有一定的增厚，如果使用薄电，酷派9900的机身最薄处达到了9.9毫米。
酷派最重要的提升就是采用了高端旗舰手机主流的双核处理器，而它采用的是目前全球已上市运行频率最高的1.5GHz双核，为高通的MSM8660处理器。内存方面，酷派9900拥有768MB RAM（运行内存）和1GB ROM，还拥有16GB的大容量存储空间，支持Micro SD扩展。酷派9900在系统方面也进行了升级，采用的是酷派自主研发的智囊4.0操作系统，它是基于Android系统开发的，全新的智囊4.0在界面和功能上进行了非常深入的升级，例如桌面增加了CoolRouter（资讯推送）和CoolFans（社交网络）插件。
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